Fue el primer club en contratar jugadores de la tercera de Boca Juniors y también tuvo la primer presidente mujer, Herminia de Lezcano.
En 1924 la familia Graffigna tenía la bodega más importante de San Juan y empezaba a pergeñar la forma de comunicarse con sus propiedades de Ullum, Pocito y Catamarca, a través de un equipo transmisor. Y, casi sin quererlo, fomentó la fundación de un Club. Un grupo de obreros de la firma había arrancado y emparejado un viñedo ubicado al Oeste del establecimiento, apadrinados por Juan Graffigna.
Aquellos jóvenes practicaban el fútbol libre en un equipo que llamaban “Colón’' y recibían apoyo de la empresa. El fallecimiento de “Don Juancito’' precipitó los acontecimientos. La Sociedad Anónima lo autorizó y el 2 de septiembre de 1925 nació el “Club Atlético Juan Antolín Graffigna’', adoptando los colores azul y amarillo. En 1964 cambiará al nombre actual “Club Atlético Colón Junior’', por razones políticas de la época.
Su primer equipo alistó a Vicente Petrignani, Urbano Fernández y Pedro Gil; Clemente Sánchez, Zoé Arroyo y Gilberto Díaz: Justiniano Mallea, Segundo Orozco Alexis Juárez, Carmelo Antúnez y Jorge Díaz. En 1927 obtiene su primer Campeonato Oficial que repetirá en 1930, 31, 33, 38 y 1942. Esa estrella tuvo otra curiosidad, fueron las primeras transmisiones deportivas de nuestro medio. Benedicto Graffigna es considerado el primer locutor de la provincia y cronicó aquel título a través de la onda que los Graffigna instalaron en 1926 y que fuera el origen de “L.T.6. La Broadcasting del Vino’', la actual L.V.1.Radio Colón.
El Club Colón siempre aportó jugadores a las selecciones sanjuaninas que competían a nivel nacional en la Copa “Beccar Varela’'. Por otra parte, luego del terremoto de 1944, se albergó a vecinos en carpas que la bodega proveyó. Paradójicamente muchas de esas familias darán origen al “Club Enfermera Medina’', el rival de barrio en Básquet Femenino. La entidad tiene su valiosa marcha y tuvo uno de los primeros programas partidarios (La Voz de Colón).
También fue el segundo equipo en participar de la Copa Argentina (año 1970). Por esos años era el primer club en contratar jugadores de la tercera de Boca Juniors: Longo, Loccher y Del Grosso). Dos calles provinciales tienen nombres de ex presidentes: Juan Nuche y Alfonso Barassi. Tuvo el presidente más joven de la Liga Sanjuanina, Rodolfo Corral con 23 años. También tuvo la primer presidente mujer, Herminia de Lezcano.
En sus terrenos existía una biblioteca y muchos años se rezó la “misa dominical’', que es el antecedente inmediato de la Parroquia de Nuestra Señora del Carmen (ubicada en el barrio del mismo nombre).
Es la Primer Ciudad Deportiva de San Juan y tiene la única pileta olímpica de la provincia, donde se batió récord mundial de permanencia en el agua. En cada rincón de la institución están los recuerdos de aquellos descendientes de italianos, esta historia la contó Sandra Alaniz en el Diario de Cuyo en una carta al lector publicada el 19 de setiembre de 2019.